All the methods from all the packages, with links to the packages they are defined in:
- _ -
- _adaptor()
: Bio::EnsEMBL::LookUp::RemoteLookUp
- _add_aliases()
: Bio::EnsEMBL::LookUp::LocalLookUp
- _args_to_sql()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeComparaInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::BaseInfoAdaptor
- _assembly_adaptor()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeInfoAdaptor
- _cache()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::BaseInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::LookUp::RemoteLookUp
- _check_name()
: Bio::EnsEMBL::LookUp::LocalLookUp
- _clear_cache()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::BaseInfoAdaptor
- _dba_id()
: Bio::EnsEMBL::LookUp::LocalLookUp
- _dba_to_locator()
: Bio::EnsEMBL::LookUp::LocalLookUp
- _dbc_to_locator()
: Bio::EnsEMBL::LookUp::LocalLookUp
- _fetch_aliases()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeOrganismInfoAdaptor
- _fetch_annotations()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeInfoAdaptor
- _fetch_assembly()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeInfoAdaptor
- _fetch_children()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::BaseInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::DataReleaseInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeAssemblyInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeComparaInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeOrganismInfoAdaptor
- _fetch_compara_genomes()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeComparaInfoAdaptor
- _fetch_comparas()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeInfoAdaptor
- _fetch_data_release()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeInfoAdaptor
- _fetch_databases()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::DataReleaseInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeInfoAdaptor
- _fetch_features()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeInfoAdaptor
- _fetch_generic()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::BaseInfoAdaptor
- _fetch_generic_with_args()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::BaseInfoAdaptor
- _fetch_organism()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeAssemblyInfoAdaptor
- _fetch_other_alignments()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeInfoAdaptor
- _fetch_publications()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeOrganismInfoAdaptor
- _fetch_sequences()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeAssemblyInfoAdaptor
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: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeInfoAdaptor
- _first_element()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::BaseInfoAdaptor
- _get_base_sql()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::BaseInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::DataReleaseInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeAssemblyInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeComparaInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeOrganismInfoAdaptor
- _get_cached_obj()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::BaseInfoAdaptor
- _get_core()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::GenomeInfo
- _get_dbc_meta()
: Bio::EnsEMBL::LookUp::LocalLookUp
- _get_division_id()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::BaseInfoAdaptor
- _get_id_field()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::BaseInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::DataReleaseInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeAssemblyInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeComparaInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeOrganismInfoAdaptor
- _get_obj_class()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeAssemblyInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::BaseInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::DataReleaseInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeComparaInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeInfoAdaptor
, Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeOrganismInfoAdaptor
- _hash_dba()
: Bio::EnsEMBL::LookUp::LocalLookUp
- _hash_dba_from_values()
: Bio::EnsEMBL::LookUp::LocalLookUp
- _intern_db_connections()
: Bio::EnsEMBL::LookUp::LocalLookUp
- _invert_dba_hash()
: Bio::EnsEMBL::LookUp::LocalLookUp
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: Bio::EnsEMBL::MetaData::BaseInfo
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: Bio::EnsEMBL::LookUp::LocalLookUp
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- _organism_adaptor()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeInfoAdaptor
- _parse_type()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DatabaseInfo
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: Bio::EnsEMBL::MetaData::GenomeInfo
, Bio::EnsEMBL::MetaData::BaseInfo
, Bio::EnsEMBL::MetaData::GenomeAssemblyInfo
- _query_multispecies_db()
: Bio::EnsEMBL::LookUp::LocalLookUp
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: Bio::EnsEMBL::LookUp::LocalLookUp
- _store_aliases()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeOrganismInfoAdaptor
- _store_alignments()
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: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeAssemblyInfoAdaptor
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: Bio::EnsEMBL::MetaData::DBSQL::GenomeInfoAdaptor
- _unload()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::BaseInfo
, Bio::EnsEMBL::MetaData::GenomeInfo
, Bio::EnsEMBL::MetaData::GenomeAssemblyInfo
- _write_metadata_to_file()
: Bio::EnsEMBL::MetaData::MetaDataDumper::JsonMetaDataDumper
, Bio::EnsEMBL::MetaData::MetaDataDumper::XMLMetaDataDumper
, Bio::EnsEMBL::MetaData::MetaDataDumper::UniProtReportDumper
, Bio::EnsEMBL::MetaData::MetaDataDumper::TextMetaDataDumper
, Bio::EnsEMBL::MetaData::MetaDataDumper